Nel 1400 la Chiesa ebbe il suo sviluppo pittorico più importante (la cappella Sassetti ad opera del Ghirlandaio fu realizzata tra il 1483 ed il 1486 circa). Nel 1500 ed in particolare in seguito alla Controriforma (1564), iniziarono importanti lavori strutturali ad opera del Buontalenti. Oltre alla facciata, il Buontalenti si occupò del rifacimento anche della Cappella Maggiore.